先秦时，化隆县为羌人牧地。西魏废帝二年（553年）因境内有化隆谷，改石城县为化隆县，此为化隆县名之始。明洪武六年(1373年)，置西宁卫(治今西宁市)，今化隆地区属西宁卫。清雍正三年(1725年)，改西宁州为西宁府，化隆地区分别属西宁府西宁、碾伯二县辖。乾隆九年(1744年)，置巴燕戎格抚番厅(治今巴燕镇)，隶西宁府。民国二年(1913年)，改巴燕戎格厅为巴戎县，隶青海省西宁道。民国十八年(1929年)，青海建省，改巴戎县为巴燕县。民国二十年(1931年)，改巴燕县为化隆县。1953年改设化隆回族自治区，1955年改称自治县，1978年划归海东地区。2013年2月国务院批准设立海东市，化隆县隶属海东市管理。